为了诊断乳糖不耐症，我们可以让肠道摄入超过其功能极限的奶制品，典型的临床症状将出现在30分钟后，不过若有其他食物或运动因素影响的话可能要1到2个小时。临床反应(症状例如：反胃、痉挛、鼓胀、腹泻或胃气胀)会存在差异，严重程度也因人而异。
为了确诊的需要，对乳糖不耐与牛奶过敏进行区分是很重要的，后者是人体对乳蛋白不正常的免疫反应。由于乳糖不耐症对于世界上的多数成年人来说是正常的身体状况，所以我们并不认为它是一种疾病，一般来说也不需要去进行医学诊断。无论如何，如果必需要确认是否患有乳糖不耐症的话，这里有三种检测方法：
氢呼气测试
在做氢呼气试验前12小时须禁食，然后摄入50克乳糖(以水稀释)。如果乳糖不能被消化，那么肠道细菌将分解乳糖产生代谢变化，并制造氢气与甲烷，通过病人的呼气，这些气体可以用气相色谱仪检测到。这项试验需要2到3个小时。果糖吸收障碍也会产生与此相类似的症状。
粪便酸性测试
这项测试适用于婴儿，因为其他测试对婴儿有风险而且不太实际。
肠道活组织检查
肠道活组织检查可以在氢呼气测试之后进行以便确诊。不过，鉴于这项检查要“侵入人体”，而且也需要高度专业的实验室来测定"乳糖酶"及"讯息核糖核酸"(mRNA)，这项检查方法一般只用于临床研究。 建议你宝宝去医院检查，确诊。
