接种HiB结合型疫苗是一种有效的预防方法，其中某几种疫苗已经广为使用。除预防以外，治疗主要是病因治疗。本菌对磺胺、青霉素、链霉素、四环素、氨苄青霉素和氯霉素均敏感，对b型荚膜流感杆菌的急性感染，尤其是脑膜炎、会厌炎，过去均以氨苄青霉素为首选，有的国家报告耐氨苄青霉素的菌株逐年增加，故有人以氯霉素为首选。
提倡用b型流感嗜血杆菌联合疫苗于婴儿2、4和6个月时分3次注射。
体重在20kg以下儿童每天按100mg/kg静脉注射氨苄青霉素，20kg以上儿童和成年人用量为250mg~1g，每6小时1次。另一种办法是口服羟氨苄青霉素，20kg以下儿童20~40mg/kg,每日3次;20kg以上儿童和成年人250~500mg,每日3次;约30%的流感嗜血杆菌产生β-内酰胺酶且对氨苄西林耐药。因此，常用的治疗方案为：磺胺甲基异啰唑/甲氧苄氨嘧啶(SMX/TMP)儿童每日8mg/40mg/kg,口服或静脉注射，成人则为口服1~2片(每片为160mg/800mg)，每日2次;头孢呋辛0.25~1g静脉注射，每6小时1次;头孢克罗儿童每日20~40mg/kg,分3次口服，成人500mg口服，每6小时1次;或强力霉素100mg 口服，每日2次(8岁以下儿童忌用)。对非耐药菌株，在小于20kg儿童可予氨苄青霉素每日100mg/kg，分4次静脉注射(最大剂量为每日 2~3g)，在大于20kg儿童及成人则为250mg~1g，每6小时1次静脉注射。尚可使用阿莫西林，对小于20kg儿童，可予20~40mg/kg口服，每日3次;对大于20kg儿童及成人，可予250~500mg,每日3次。氟喹诺酮和阿奇霉素对流感嗜血杆菌亦有抗菌活性。
