大量证据证实，慢性萎缩性胃炎和胃癌关系密切，故而有的学者主张胃切除以防慢性萎缩性胃炎癌变。慢性萎缩性胃炎手术疗法指征如下：
(1)萎缩性胃炎活检有中度以上不典型上皮增生。对轻度不典型上皮增生，因病变可能为可逆性，亦可不行手术，随访观察。
(2)胃镜下见有局限性粘膜变白、糜烂、隆起或凹陷者。此种粘膜改变不能排除不典型上皮增生或早期癌(尽管活检未能证实)。对这些病例应短期胃镜随访观察，如仍发现糜烂等改变，以手术治疗为宜。
(3)萎缩性胃炎合并经久不愈或复发性胃溃疡者。此类病变可能亦属癌前期改变，以手术为宜。即使溃疡已愈合，如伴随的萎缩性胃炎和/或粘膜糜烂严重，仍不能排除癌前期病变，甚至早期胃癌。
(4)萎缩性胃炎多次合并上消化道出血者。出血多由粘膜糜烂引起，糜烂性病变易致癌变。
(5)胃大部切除术后残胃炎并有明显胆汁反流者。此种患者可做konxeny空肠吻合术，吻合口距胃空肠吻合口至少50cm，以避免胆汁反流。
