白色念珠菌病的治疗以局部治疗为主，但严重的病例和慢性念珠菌感染常需要辅以全身治疗。
局部治疗药物有：2%～4%碳酸氢纳(小苏打)溶液，哺乳前后洗涤口腔和乳头，用药至病变消失后数日;0.05%龙胆紫水溶液，每日涂搽3次;0.2%洗必泰溶液或1%洗必泰凝胶局部涂、冲洗或含漱;5～10万单位/ml制霉菌素水混悬液涂布，每1～2小时1次，可咽下;1～2岁的儿童用制霉菌素10万单位，每日3次口服;
成人用制霉菌素50～100万单位，每日3次口服，疗程7～ 10天;咪康唑(达克宁)适量局部涂，疗程10天;克霉唑0.5g(成人)每日3次口服(因副作用多而较少用);酮康唑200mg，每日1次，疗程2～4周，不可与制酸药和抗胆碱药物同用。有免疫缺陷或与之相关的疾病，全身辅以综合治疗，如用转移因子、胸腺素、脂多糖等，补充铁剂、维生素a以及多次少量输血等。
中医认为白色念珠菌病是由于胎中伏热，蕴积心脾，复感外邪，引动内热，上熏口舌而致;或素体脾虚，久病大病后，或过用寒凉，脾胃受伤，蕴湿化热，上蒸口腔而致。
心脾积热型，治以清胃泻火解毒，方选导赤散合清热泻脾散加减，组成：生地黄、木通、淡竹叶、黄芩、黄连、栀子、灯心、茯苓、车前子、人中黄、甘草等。
脾虚湿盛型，治以健脾益气润燥，方选参苓白术散或连理汤加减，组成：白术、人参、茯苓、黄连、干姜、炙甘草、白扁豆、山药、陈皮、藿香、苍术等。
