河豚毒素所在部分和季节上的变化河豚毒素所在部位为鱼体内脏。其包括：生殖腺、肝脏、肠胃等部位，其含毒量的大小，又因不同养殖环境及季节上变化而有差别，按长江河豚和人工养殖河豚的实例证明，各器官毒性比较如下：卵巢〉脾脏〉肝脏〉血筋〉眼睛〉鳃耙〉皮〉精巢〉肌肉。养殖河豚(2龄以上)其器官毒性比较与野生河豚一致，但含毒素量较低。
生殖腺 就是卵巢及精巢。卵巢含剧毒，为河豚含毒量最大的强毒部分之一。精巢是微毒或无毒;卵巢与精巢为长圆形，位于腹腔后部，肛门附近。二者在生殖时期，易于辨别，睾丸为乳白色，卵巢为浅黄色;横断切面，精巢呈白乳糜状，而卵巢则呈颗粒状;但秋后因生殖期已过，卵巢与精巢皆呈萎缩，二者间较难辨别。
肝脏 为一较大纵长的器官，位于腹腔的右侧，上接膨大的胃部，下部尖端达肛门附近，呈灰褐色，内侧具有一绿色
的胆囊。肝脏为河豚剧毒部分，食河豚时宜特别注意在食前务必剖除干净，人工养殖的可以通过油煎后食用。 皮肤和血液 皮肤含毒量因河豚种类而异，河豚皮肤含毒量甚微或无毒。血液特别是两块所谓脊血块即脾脏含有剧毒。
肠胃 胃部甚大，能吸入水或空气，使其膨大，胃之下为肠，肠在腹腔内作二回折即达肛门，胃和肠也有毒，但毒性比卵巢及肝脏小得多。
肌肉 肌肉可视为无毒，所以只要挖去河豚的内脏，再剥去皮，洗得干净，是不会有毒的。但河豚死后较久，内脏的毒素溶在体液中，时间一久，可以渗入肌肉，不可不防。特别是制作鱼片(鱼生)，用2%-5%碱液浸洗，更加安全。
