肛管炎是长期的粪便刺激和不良的排便习惯引起的，如反复便秘或反复腹泻均会引起肛管部位的炎症。
其病因如下：
一、常见于肛窦炎波及肛管。肛窦底部有能够分泌液体的肛门腺和肛门腺导管，平时能分泌出粘性液体，润滑大便和保护直肠肛门。若发生肛窦炎，则炎症有可能波及肛管。
二、异物刺伤或强酸强碱灼伤肛管均可刺激肛管发炎。
三、痔疮的感染。痔疮如内痔脱出，常带出许多刺激性的粘液，长期的肿物脱出和粘液的刺激，均可造成肛管炎的形成。
四、局部用药过敏等因素所致。医学证明，许多不合理的药物如局部的抗过敏药物，或是涂抹药膏过量等均可导致肛管炎的发生。
