上呼吸道、口腔的感染灶必须加以根治。口腔手术时，应将分泌物尽量吸出。昏迷或全身麻醉患者，应加强护理，预防肺部感染。早期和彻底治疗是根治肺脓肿的关键。
治疗原则为抗炎和引流。
1.抗生素治疗急性肺脓肿的感染细菌包括绝大多数的厌氧菌都对青霉素敏感，疗效较佳，故最常用。剂量根据病情，一般急性肺脓肿经青霉素治疗均可获痊愈。脆性类杆菌对青霉素不敏感，可用林可霉素肌内注射;病情严重者可用静脉滴注。或氯林可霉素口服。或甲硝唑口服。嗜肺军团杆菌所致的肺脓肿，红霉素治疗有良效。在全身用药的基础上，加用局部治疗，如环甲膜穿刺、鼻导管气管内或纤维支气管镜滴药，常用青霉素，滴药后按脓肿部位采取适当体位，静卧1小时。
血源性肺脓肿为脓毒血症的并发症，应按脓毒血症治疗。
2.痰液引流祛痰药口服，可使痰液易咳出。痰浓稠者，可用气道湿化如蒸气吸入、超声雾化吸入等以利痰液的引流。患者一般情况较好，发热不高者，体位引流可助脓液的排出。使脓肿部位处于高位，在患部轻拍，有明显痰液阻塞征象，可经纤维支气管镜冲洗并吸引。
3.外科治疗支气管阻塞疑为支气管癌者;慢性肺脓肿经内科治疗3个月，脓腔仍不缩小，感染不能控制;或并发支气管扩张、脓胸、支气管胸膜瘘;大咯血有危及生命之虞时，需作外科治疗。
