1.基因技术利用抗菌素抗性基因给转基因作物贴上标签，基因食品进入人体后可能会影响抗生素的药效，作物中的变异基因可能引起新的疾病；
2.基因技术中的蛋白质转移可能导致人类对原来不过敏的食物过敏，分割重组后的新蛋白质性状是否与我们的完全一致 基因的人工提炼和添加有可能增加和积累食物中原来存在的微量毒素，不可预见的生物变异。基因的修饰和添加有可能增加和积累食物中的微量毒素，不可预见的生物突变，甚至增加原有毒素的含量或产生新的毒素；
4.
首先，进入环境的转基因生物、细菌和病毒不可能被拯救或恢复。
首先，是毒性问题。一些研究人员认为，人工提炼和添加基因可能会增加和积累食物中已有的微量毒素，同时达到一些预期效果。
其次，还有过敏反应的问题。对某种食物过敏的人有时也会对以前不过敏的食物产生过敏。例如，如果科学家在核桃、小麦和贝类的基因中加入一段玉米，并随基因加入蛋白质，那么以前对玉米过敏的人可能会对这些核桃、小麦和贝类过敏。
第三个问题是营养。科学家们认为，外来基因会破坏食物中的营养成分，而这种破坏方式目前还不太清楚。
第四个问题是对抗生素的抗性。当科学家在植物或细菌中加入外来基因时，该基因会与其他基因相联系。当人们服用这种经过改造的食物时，食物会将体内的抗性基因传递给致病细菌，使人体对药物产生抗性。
第五是对环境的威胁。许多转基因品种含有源自杆菌的细菌基因，这些杆菌产生一种对昆虫和害虫有毒的蛋白质。在一项实验室研究中，一种蝴蝶的幼虫在吃了含有杆菌基因的马拉色泽属植物的花粉后产生了死亡或异常发育，这引起了生态学家的另一个担忧，即其他在改良范围之外的物种可能成为改良品种的受害者。
最后，生物学家担心对作物进行改良以发展更优越的性状，如更强的抗病虫害和抗干旱能力，很可能通过花粉等媒介传播给野生物种。
