基本上扁桃体炎本身是很良性的疾病，不过，问题会出在病原菌本身、感染的严重度和机体抵抗力的强弱。如果这致病菌只是造成扁桃体的局部感染，感染病程过去就没事了。但有的致病菌会有全身性的影响，就可能有较复杂的病程或不好的后遗症，如关节炎、肾炎、心肌炎、心内膜炎等。
扁桃体炎的发病形式很直接，眼见为凭，可目视扁桃体的状况。让患儿张大嘴巴，观察扁桃体及口咽的变化则可以知道是否有扁桃体炎。不过医生除了要诊断是不是扁桃体炎之外，另一个重要工作是要区分到底是细菌性感染还是病毒性感染，有没有全身性感染，会不会有其他并发症。通常细菌性疾病可能需要使用抗生素治疗，而病毒性疾病则不需要抗生素，有需要的话可以抽血检查来帮助诊断。
这些感染都具有传染性，所以孩子有扁桃体炎，若可以的话应尽量不出门，严重的患儿要多休息并摄取适当的水分。有些孩子经常反复感染，扁桃体变得比一般肿大，也有些人先天就较大，经常感染后更大。有时会影响呼吸，或造成睡觉时鼾声很大、甚至影响睡眠质量，可考虑做扁桃体切除手术。
扁桃体发炎和个人的体质因素、环境因素、遗传因素等有关系。有些人长期扁桃腺慢性炎症以后，就会出现超免疫的状态，产生免疫复合物，从而引起肾小球肾炎、风湿性心脏病、风湿性心肌炎、关节炎等疾病。所以说，此病说小不小，说大不大，应当引起足够重视!
