1.直肠触诊 内口外有轻度压痛，可触及少量硬结。
2.亚甲蓝染色法 将白色湿纱布插入肛管和直肠下段，经外口向瘘管内注入1～2ml亚甲蓝，然后从肛管内取出纱布，根据纱布上有无亚甲蓝染色及染色部位，明确是否存在瘘管及内口部位。
3.探针检查 通过外口将探针插入肛管，明确瘘管的位置和内口的位置。这种方法通常在手术中麻醉下进行，如果操作不当或不熟悉这种方法，可能会形成假道。
4.瘘管造影是将30%～40%的碘油注入外口，可通过拍片观察瘘管的分布情况，多用于高位复杂肛瘘和蹄形肛瘘的诊断（图6）。 而在常规临床检查中未能发现。
5.肛管超声检查有时对括约肌间瘘的诊断有帮助，但对括约肌外瘘和跨括约肌瘘的诊断没有帮助。Lunniss报告了35例这种方法的结果，与手术结果一致：原发性瘘管（85.7%），继发性瘘管和脓肿（91.4%），蹄形瘘管（64.3%），80%的瘘管有内口，因此得出结论，MRI对瘘管位置的诊断非常准确。核磁共振成像是确定瘘管位置的一种非常准确的方法。
