菠萝里有三种不好的成分，可能给人带来麻烦：1.甙类是一种有机物，对人的皮肤、口腔黏膜有一定刺激性，但对健康尚无直接危害。2.羟色胺是一种含氮的有机物，有强烈地使血管收缩和使血压升高的作用，可引起头痛。3.菠萝蛋白酶是一种蛋白质水解酶。
有少数人对这种酶有过敏反应，吃后15~60分钟左右出现腹痛、恶心、呕吐、荨麻疹(俗称风疹块)、头痛、头晕等症状。严重的还会发生呼吸困难及休克，所谓菠萝过敏就是指此而言。专家提醒，菠萝去皮后，应切成片或块放在开水里煮一下再吃。菠萝蛋白酶在45℃～50℃时就开始改变，到100℃时90% 以上都会被破坏：甙类也同时可被破坏消除;羟色胺则溶于水中。
如果为了保持菠萝的新鲜口味，可以把切成片或块的菠萝放在盐水(一般烧菜的咸度)里浸泡30分钟左右，再用凉开水浸洗去咸味，也同样可以达到去过敏的目的。此外，有过敏体质者应慎重食用，过去吃菠萝有过敏史者则应禁止食用。
