1、遗传：本病的血缘家庭发病率较高，据欧美文献统计，溃疡性结肠炎病人的直系血缘亲属中，约15-30%的人发病。
2、免疫力低下：多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病(如自身免疫性溶血性贫血)者较多，所以提高免疫力也是防治肠炎重中之重。
3、滥用抗生素：很多人遇到疾病会滥用氨苄、头孢等抗生素，这些抗生素会直接刺激肠道，还可以引起肠道菌群失调，使肠道内正常的大肠杆菌减少有害菌大量繁殖引起肠炎。
4、饮食不注意：包括饮食因素如饮食不当引起的腹泻，食物过期如牛奶过期、及不清洁的环境、气候的突变、生活规律的突然改变均可以引起腹泻。
5、口服避孕药女性患者肠炎的危险性增加：来自美国和英国队列研究指出，口服避孕药妇女患炎症性肠病的危险性增加40%以上。长期口服避孕药或大剂量服用雌激素妇女肠炎发生的危险性高。
以细菌和病毒引起者最为常见。少数肠炎病因不明。细菌性肠炎的致病菌以痢疾杆菌最常见，其次为空肠弯曲菌和沙门氏菌。在病毒性胃肠炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要病因，而诺瓦克病毒是成人和大龄儿童流行性病毒性胃肠炎的主要病因。寄生虫引起的肠炎以溶组织内阿米巴较为常见。真菌性肠炎以白色念珠菌引起的最多。
1病毒性肠炎见于犬瘟热病毒、犬细小病毒、犬猫冠状病毒、猫泛白细胞减少病病毒等引起的肠炎。
2细菌性肠炎见大肠杆菌、沙门氏菌、耶尔森氏菌(引起小肠结肠炎)、毛样产芽胞杆菌、空肠弯曲杆菌、梭菌(犬出血性胃肠炎)等引起的肠炎。
3真菌性肠炎见组织胞浆菌、藻状菌、曲霉菌、白念珠菌等引起的肠炎。
4寄生虫性肠炎见鞭毛虫、球虫、弓形虫、蛔虫、钩虫等引起的肠炎。
5采食异物、污染或腐败变质食物、刺激性化学物质(毒物或药物等)、某些重金属中毒，以及某些变态反应(嗜酸性细胞性肠炎、浆细胞淋巴细胞性肠炎)等都能引起肠炎。
6滥用抗生素，改变了肠道存在的微生物区系，或出现耐抗生素菌株而引起的肠炎。
过量喝酒会破坏肠道的保护屏障，而过多摄入肉类等高脂肪、辛辣的食物会使粪便通过肠道的速度减慢，使致癌物和肠结膜接触时间延长，诱发癌变。
特别是有些人喜欢一边喝酒一边吃烤肉，对此专家提醒说，大量饮酒会导致肌体抵抗力下降、肠道充血、肠道保护屏障被破坏以及肠道吸收障碍等，而烤肉中的苯并芘是公认的致癌成分，两者相配会大大增加患肠癌的风险。一般建议饮酒时，尽量多吃一些凉拌蔬菜、豆制品或粗粮制品，以减少对肠道的伤害。
