1、遗传：本病的血缘家庭发病率较高，据欧美文献统计，溃疡性结肠炎病人的直系血缘亲属中，约15-30%的人发病。
2、免疫力低下：多数学者认为本病属于自身免疫性疾病。因为本病并发自身免疫病(如自身免疫性溶血性贫血)者较多，所以提高免疫力也是防治肠炎重中之重。
3、滥用抗生素：很多人遇到疾病会滥用氨苄、头孢等抗生素，这些抗生素会直接刺激肠道，还可以引起肠道菌群失调，使肠道内正常的大肠杆菌减少有害菌大量繁殖引起肠炎。
4、饮食不注意：包括饮食因素如饮食不当引起的腹泻，食物过期如牛奶过期、及不清洁的环境、气候的突变、生活规律的突然改变均可以引起腹泻。
5、口服避孕药女性患者肠炎的危险性增加：来自美国和英国队列研究指出，口服避孕药妇女患炎症性肠病的危险性增加40%以上。长期口服避孕药或大剂量服用雌激素妇女肠炎发生的危险性高。
以细菌和病毒引起者最为常见。少数肠炎病因不明。细菌性肠炎的致病菌以痢疾杆菌最常见，其次为空肠弯曲菌和沙门氏菌。在病毒性胃肠炎中，轮状病毒是婴幼儿腹泻的主要病因，而诺瓦克病毒是成人和大龄儿童流行性病毒性胃肠炎的主要病因。寄生虫引起的肠炎以溶组织内阿米巴较为常见。真菌性肠炎以白色念珠菌引起的最多。
