普通感冒、流行性感冒(流感)、一般细菌性肺炎、军团菌性肺炎、支原体肺炎、衣原体肺炎、真菌性肺炎、艾滋病和其他免疫抑制(器官移植术后等)患者合并肺部感染、一般病毒性肺炎是需要与SARS进行鉴别的重点疾病。
其他需要鉴别的疾病还包括肺结核、流行性出血热、肺部肿瘤、非感染性间质性肺疾病、肺水肿、肺不张、肺栓塞、肺血管炎、肺嗜酸粒细胞浸润等。
对于有与SARS类似的临床症候群的病例，若地进行抗菌治疗后无明显效果，有助于排除细菌或支原体、衣原体性肺部感染。
附：流感与SARS的鉴别诊断要点
流行病学特点：流感于冬春季节高发，传播快，通过空气飞沫及接触呼吸道分泌物传播。潜伏期1-3天，潜伏期末即有传染性，病初2-3天传染性最强。暴发流行时常有先学校、后居民区的特点。小儿和老人易并发肺炎。
症状和体征特点：流感起病急，常以高热起病，全身症状重而呼吸道症状相对较轻，表现为头痛、乏力、全身酸痛。体温可达39-40℃，2～3天后体温可消退，但流涕、鼻塞等卡他症状及咽痛、咳嗽转为显著。部分严重患者可出现呼吸困难，发绀。少数患者可有恶心、便秘或腹泻等轻度消化道症状。查体呈急性病容，面颊潮红，眼结膜轻度充血、眼球压痛，咽充血，口腔黏膜可有疱疹，肺部听诊很少有湿性罗音。
