这两个病还是有区别的。两者最大的不同在于过敏性咳嗽只是咳嗽感受器敏感性增加，病变通常不累计气管支气管，咳嗽虽剧烈，但往往不会出现气紧的表现，气道反应性不高，肺功能通常是正常的。
而咳嗽变异性哮喘则不同，咳嗽变异性哮喘本质仍然是哮喘，也可认为是轻度哮喘，病变累及气管、支气管，肺功能检查会有异常，气道反应性明显升高，在咳嗽时往往有气紧的情况。
两者过敏源检测都可是阳性。都可出现抗感染治疗无效的长期慢性咳嗽。
主要区别在于是否有气道高反应性，病变是否累计下呼吸影响肺功能。
在治疗上，糖皮质激素都是有效的，这也是为什么过敏性咳嗽按咳嗽变异性哮喘治疗有效。过敏性咳嗽单用抗过敏药物治疗往往就有效。咳嗽变异性哮喘虽然也与过敏有关，但是单用抗过敏药物治疗效果不好，需要使用支气管扩张药物和糖皮质激素雾化治疗，糖皮质激素雾化治疗是哮喘治疗的基石。
另外，咳嗽变异性哮喘由于是气道慢性炎症，在没有症状是也需要小剂量激素雾化治疗，而过敏性哮喘仅仅需要对症治疗即可，症状缓解后即可停止治疗。
及时使用同样的药物，雾化治疗也有差别，过敏性咳嗽由于病变并不在下呼吸道，激素雾化颗粒可以大于5um，普通超声雾化即可，而咳嗽变异性哮喘雾化需要将颗粒打碎到5um以下。气体压缩雾化、大流量氧气雾化是必要选择。
