过去关于慢性软组织损伤有各种各样的学说，但是慢性软组织损伤仍然是久治不愈的一大类疾病，试图找出这类疾病的根本病因，一直是目前国内外医学界的追求目标。针刀医学系统地提出了慢性软组织损伤的概念、范围，通过对软组织损伤的各种形式和病理变化过程的研究，认为慢性软组织损伤的根本病因是人体的动态平衡失调，而造成动态平衡失调有四种基本的病理因素，即粘连、挛缩、疤痕和堵塞。针对临床上广泛存在而又缺乏有效治疗手段的慢性软组织损伤类疾病，针刀医学经过长期临床实践和观察，对慢性软组织损伤的病因病理有了新认识：
第一，重新界定软组织的范围。以往国内外医学理论把软组织限定在运动系统，而针刀医学则认为软组织包括人体除了唯一的硬组织（骨组织）之外所有的组织，因为它们具有相似的力学特性，其损伤的病理变化过程也有相同规律，这是对软组织损伤理论的重大突破。对临床具有重要的指导意义，改变了过去对内脏组织器官的慢性疾病的治疗思路和方法，为这类顽固的慢性内脏组织器官疾病的治疗找到了有效的方法。
第二，明确慢性软组织损伤的概念。内涵：软组织受到各种损伤以后；在治疗和自我修复的过程中；在特定条件下产生的新的致病因素，导致新的慢性软组织损伤类疾病的发生。外延：慢性软组织损伤是一种迁延难愈的慢性疾病，涉及内外妇儿各科疑难杂症。
第三、提出软组织损伤的各种形式。认为软组织损伤的形式包括暴力性损伤、积累性损伤、情绪性损伤、疲劳性损伤、侵害性损伤、自重性损伤、手术性损伤、病损性损伤、环境性损伤、功能性损伤十大类。这极大地拓宽了我们认识慢性软组织损伤的视野，提高了对许多慢性病本质的认识。
第四、首次提出软组织损伤的病理变化过程：损伤→（生物物理学）→变化（骨折移位、骨错缝、筋出槽）→力学状态改变→软组织器官受到破坏→引起挤压、牵拉、松弛→致使大量细胞破裂坏死、组织渗出→成为体内异物→刺激周围组织→引起疼痛→产生生物化学变化（缓激肽类、5-羟色胺类等化学物质含量的变化）→人体通过神经反射系统、体液调节系统作用→产生生理病理过程的变化（被破坏的机体组织要修复、被扰乱的生理功能要恢复）→由于病区有关组织的保护机制处于警觉状态而制动→结果产生瘢痕、粘连、挛缩、堵塞→形成新的病理因素。
第五、认为慢性软组织损伤疾病的根本病因是人体的动态平衡失调。人体的组织、器官，在特定的时间和空间的范围内，能够自由的活动叫做动态平衡，反之叫做动态平衡失调。造成动态平衡失调的病理因素有四类，即粘连、挛缩、瘢痕和堵塞。
第六、我们的内脏受到各种形式的损伤之后，在人体自我复修过程中，最后的结果同样是粘连、挛缩、瘢痕、堵塞，形成了新的病理因素，同样导致内脏实体的动态平衡失调和流体的动态平衡失调。因此，内脏的慢性损伤性疾病和运动系统的慢性软组织损伤性疾病的本质是一样的。
通过对软组织张力性疼痛的试验研究、针刀医学在疼痛科的研究和应用、针刀疗法对Ｌ3横突综合征兔血浆血栓素Ｂ2及6-酮-前列腺素水平的影响等课题的研究，证实上述新认识是成立的。在此认识的指导下治疗慢性软组织损伤疾病，取得了非常好的临床疗效，把对慢性软组织损伤的认识提高到了一个新的水平。
