大蒜素具有较强的抗菌消炎作用，对多种球菌、杆菌、真菌、病毒等均有抑制或杀灭作用。大蒜素对多种致病菌如葡萄球菌、脑膜炎、肺炎双球菌、链球菌及白喉、痢疾、大肠杆 菌、伤寒、副伤寒、百日咳、结核杆菌和霍乱弧菌等都有明显 的抑制或杀灭作用。
可治疗急性菌痢、百日咳、婴儿腹泻、大 叶性肺炎、肺结核、伤口化脓、沙眼等。大蒜素抗菌的原理 是由于大蒜素分子中的氧原子与细菌生长繁殖所必需的半胱 氨酸分子中的巯基相结合而抑制了细菌的生长和繁殖。
大蒜素对多种致病真菌包括白色念珠菌有抑制或杀灭作用。低浓度时主要抑制真菌生长，高浓度时可完全杀死真菌。
临床已用于治疗隐球菌脑膜炎、肺部及消化道真菌感染、白色念珠菌毒血症、白色念珠菌引起的小儿消化不良、真菌性角膜炎、新生儿鹅口疮、头癣等。
大蒜素的抗真菌机制是：通过 对巯基的氧化使蛋白质灭活;对含巯基的化合物如胱氨酸、谷胱氨酸发生竞争性抑制;非竞争性地抑制真菌内某些酶的活性。
巨细胞病毒(CMV)感染是导致骨髓移植失败和患者死亡的主要原因之一，至今缺乏有效的防止措施。临床研究发现大 蒜素对骨髓移植者并发人巨细胞病毒感染有明显的防治作用 。
隐孢子虫(Crypt0sp0ridium)是一种新发现的病原体，可引起 婴幼儿腹泻，对隐孢子虫所致腹泻，现尚无特效药，国内试 用大蒜素治疗取得了较好疗效。大蒜素能有效杀伤弓形虫速 殖子，可抗弓形虫感染、特别是抗弓形虫病复发的作用较明显 。
大蒜素的二丙烯基二硫醇溶液对乙肝病毒表面抗原的破坏率达43.5%，证明大蒜素对乙肝病毒表面抗原有一定的破坏作用。大蒜素还具有抗原虫滴虫作用，经临床验证对阿米巴痢疾、滴虫性阴道炎有很好的治疗作用。
