“是药三分毒”，应严格遵照医嘱服药，切不可盼复心切，擅自加大抗菌药物(包括抗生素和人工合 成的抗菌药，如氟哌酸)的药量，否则很可能损伤神经系统、肾脏、血液系统。尤其是对肝肾功能出现异常的患者，更要慎重。需要强调的是，一般来说，轻度上呼 吸道感染选用口服抗生素即可，但很多人却选择了静脉输液，这无形中也增加了出现副作用的风险。
多发生在具有特异性体质的人身上，其表现以过敏性休克最为严重。青霉素、链霉素都可能引发，其中青霉素最常见也更为严重。过敏反应严重时可能致命。
当用抗菌药物抑制或杀死敏感的细菌后，有些不敏感的细菌或霉菌却继续生长繁殖，造成新的感染，这就是“二重感染”。这在长期滥用抗菌药物的病人中很多见。因此治疗困难，病死率高。
大量使用抗生素无疑是对致病菌抗药能力的“锻炼”，在绝大多数普通细菌被杀灭的同时，原先并不占优 势的具有抗药性的致病菌却存留了下来，并大量繁衍。而且由于药物长期刺激，使一部分致病菌产生变异、成为耐药菌株。这种耐药性既会被其他细菌所获得，也会 遗传给下一代。“超级细菌”很大程度上就是抗菌药物滥用催生出来的。如果这种情况继续恶化下去，很可能使人类面临感染时无药可用的境地。
抗菌素不能随便用。一些人有点感冒、咳嗽就服抗菌素。其实感冒大多是由病毒感染的，用抗菌素来对付感冒，基本上是没用的。只有当感冒者出现有黄鼻涕、黄痰、咽喉疼痛剧烈、扁桃体肿大出现脓点等症状，并发气管炎、肺炎、中耳炎、扁桃体炎、风湿病、肾炎，并确诊由溶血性链球菌等感染时，才需要用相应的抗菌素治疗。
菌素使用的原则是能用窄谱的就不用广谱的，能用低级的就不用高级的，用一种能解决问题的就不要几种联合用。一般来说，一种抗菌素抗菌种类少的称窄谱，抗菌种类多的称广谱;临床上将早期使用的抗菌素，价格较低的称为低级，而近年来开发使用的、价格高的称高级抗菌素。其实，窄谱与广谱、低级与高级，都是相对的。每种抗菌素都有自身的特征，关键是因病、因人选择。比如红霉素是老牌抗菌素，价格很便宜，但对于军团菌和支原体感染的肺炎具有相当好的疗效，而价格昂贵的第三代头孢菌素却对这些病反而没有什么疗效。有的老药药效比较稳定，现在人们不经常使用反而可能更敏感。如具有10多年历史的头孢拉定，对常见细菌感染如葡萄球菌仍比较敏感，耐药率仅为4%。
细菌性感染所致的发热，经抗菌素治疗后体温恢复正常、主要症状消失后，要及时停用抗菌素。明确诊断的急性细菌感染，在使用某种抗菌素72小时后，效果不明显或出现病情加重者，应及时进行细菌培养及药物敏感试验后改用其它敏感的药物，不能自己随便换药，避免产生耐药菌株。
防和减少抗菌素的毒副作用，要注意剂量和疗程。有些人不舒服了就用抗菌素，感觉好点了就停用。这样造成的后果是，用药时消灭了80%—90%的病菌，停药后残留的病菌就有可能产生对抗菌素的抗体，甚至繁殖出耐药菌群，以后再服这种药时药效就大大下降。一般情况下，不要为了预防而使用抗菌素，特别是广谱抗菌素。还要避免外用青霉素类、头孢菌素类及氨基糖苷类抗生素，不要把这些抗菌素配成液体冲洗伤口，避免诱发耐药细菌的产生。
