人体中，软骨素构成关节软组织。这种柔韧组织保护关节，帮助更轻松移动。对于骨关节炎患者来说，他们关节中的软骨素会因为受损而导致疼痛和肿胀。而一些研究已证实硫酸软骨素营养补充剂能够减少这种不适。
一些研究发现硫酸软骨素存在一定副作用，但相对比较温和。例如，在大剂量摄入后可以引起恶心或胃痛。这些症状通常在停止使用营养品后就可以消失。此外，比较少见的硫酸软骨素副作用还包括腹泻，便秘，皮疹，头痛和脱发尽管大部分人不会出现上述负面影响，但医生仍然建议一些人避免使用硫酸软骨素。例如，曾经有过前列腺癌历史的人。因为一些研究发现某些前列腺癌患者的前列腺内软骨素水平增加。也正是基于这一原因，一些专家担心软骨素会促进癌变。
另一些医务人员反对服用血液稀释药物的人使用这种营养补充剂。软骨素也有稀释血液的作用，因此它们相混合容易导致出血风险。此外，孕妇和哺乳女性也不适合消费这类补充剂，因为至今还没有明确的研究结果证实它不会带来负面影响。
许多硫酸软骨素配方还包含氨基葡萄糖硫酸盐和一些锰。氨基葡萄糖和锰都涉及关节形成，因此与软骨素一样对缓解关节炎疼痛有好处。由于涉及多种成分，氨基葡萄糖和锰导致的副作用容易与硫酸软骨素的负面影响相混淆。如胃灼热，腹胀，高血压和高血糖等。如果有这种情况发生，可以仅服用包含硫酸软骨素的营养补充剂加以改善。
