由于新生儿胃肠道发育不够成熟，消化能力差，免疫功能比成人低;又兼他们生长发育迅速，营养的需求相对较多，胃肠道的负担很重，因而容易发生腹泻。腹泻常见的病因是喂养不当，如人工喂养儿，奶量增加太多或突然由人奶改为人工喂养，牛奶内加糖过多或不定时喂养。环境过热或过冷可引起肠道功能紊乱。少数患儿腹泻是对奶制品过敏引起的。腹泻的另一类病因是感染，如母亲喂奶前不洗手，不注意个人卫生和奶头清洗。
人工喂养儿奶头和奶瓶不注意清洁消毒，就可能被细菌污染，特别是夏天奶容易变质污染，如喂了已变质的奶可引起肠道感染。此外，新生儿肠道以外的感染如呼吸道感染或败血症等也可以腹泻。
新生儿腹泻主要在于预防。母乳是无菌的，而且母乳中有抗体尤其在初乳中抗体很多，对肠道感染有一定的抵抗力，母乳喂养可以减少腹泻发生。人工喂养时注意喂养方法和做好奶具清洁消毒，这是预防新生儿腹泻的根本措施。
一旦发生腹泻，要及时处理。如腹泻不重，由喂养不当所致，应及时调整奶量，1-2天内减少奶量或把奶稀释为1/2-2/3，但不要长时间稀释，以免婴儿营养不良。适当口服补液，可用世界卫生组织推荐的口服补液配方(医院或药店有供应)。方法如下，用1/4包加水至250毫升，按每千克体重服60毫升，在 6小时内少量多次喂入。也可服妈咪爱和思米达，前者可以调整肠道正常菌群，后者有保护肠道黏膜的作用。服法：新生儿：妈咪爱每次1/3包，一日2次;思米达1/4包冲水15毫升，每日2次。两种药交替使用，间隔2小时。婴幼儿：妈咪爱1包，每天2次;思米达半包，冲水25毫升口服，每天2次。两种药交替使用，间隔2小时。以上药物比较安全，有利于腹泻康复。如腹泻较重或大便有脓血，伴有食量减少、呕吐、尿少等，应及时找医生诊治。
