磨牙的动作是由咀嚼肌的持续收缩引起的。咀嚼肌由三叉神经的第3支———运动支管理。至于运动支为什么那样兴奋，在夜里人体既不吃也不喝的情况下，还要命令咀嚼肌不停地收缩，道理目前还不是特别清楚。不过，从临床来看，由蛔虫病和胃肠功能紊乱引起磨牙的例子倒是经常可以见到。
在人体肠道内寄生的蛔虫能分泌多种毒素，如神经毒素、过敏毒素、溶血毒素以及酶性毒素等。此外，虫体排出的某些代谢产物也会不断刺激正在熟睡中的人体大脑的相应部位，使有些人夜间咀嚼肌持续收缩从而造成磨牙现象。
已经发现，如果儿童白天玩得过于兴奋，或者那些白天工作过于紧张，夜晚睡前还忙碌不停、过于疲劳的人，入睡以后虽然大部分大脑皮质处于抑制状态，但还会有一部分区域(如脑桥的三叉神经)处于兴奋状态。这样，它就会发出“信号”命令面部的咀嚼肌作短暂持续的缩。于是睡着的人就表现为下颌不由自主地上下左右前后运动，从而发出“吱吱”的磨牙声。这种夜间磨牙，别人听得清清楚楚，而磨牙者自己却完全不知。
