衣原体感染人体后，首先侵入柱状上皮细胞并在细胞内生长繁殖，然后进入单核巨噬细胞系统的细胞内增殖。由于衣原体在细胞内繁殖，导致感染细胞死亡，同时尚能逃避宿主免疫防御功能，得到间歇性保护。衣原体的致病机理是抑制被感染细胞代谢，溶解破坏细胞并导致溶解酶释放，代谢产物的细胞毒作用，引起变态反应和自身免疫。
衣原体1957年开始把衣原体归于细菌类，这一主张已获得越来越多的微生物学家的支持。不能在人工培养基上生长，只能在寄主细胞内生长，能通过细胞滤器的微生物。因而长期以来被认为是病毒。但它又有细胞壁结构，借二分裂繁殖，含DNA和RNA二种核酸，胞浆内有核糖体，对磺胺和多种抗生素敏感，这些特性又类似细菌。按伯杰氏新的分类，衣原体属立克次氏体纲衣原体科。衣原体属Ⅰ为沙眼衣原体组衣原体，这组衣原体在寄主细胞浆内形成致密型包涵体，其中含有丰富的糖原，碘染色阳性。对磺胺药和环丝氨酸类药物高度敏感。衣原体属Ⅱ为鹦鹉热衣原体组衣原体，这组衣原体在寄主细胞浆内的包涵体呈疏松型，不含糖原，碘染色阴性，对磺胺药不敏感，对环丝氨酸类药物低度敏感。
传播途径：因为不洁的性生活或者接触携带衣原体患者如洗浴泡大池子，与支原体衣原体感染患者的衣物一块洗、用等。获得衣原体病毒的患者患者就是衣原体患者，所表现出的症状就是衣原体感染症。
