可用四环素、红霉素、复方磺胺甲基异唑、氨苄青霉素等全身治疗。对眼部感染可用利福平、四环素、红霉素眼药水滴眼。
首选阿齐霉素250mg每日1次,连服7天,或用强力霉素100mg每日2次,连服7日。复方新诺明亦有效。
另外近年来新开发的对各领域的感染症广泛使用的新药喹诺酮类,在治疗衣原体方面临床效果较好,其中常用的药物有氧氟沙星(OFIX),环丙沙星(CPFX),洛美沙星,利福平治疗效果也较好。
中医辩证治疗,中医里面衣原体可看做是湿邪和毒邪和而为病,因此要解毒祛湿。另外衣原体感染后对身体的危害较大,所以建议及早治疗为好,利尿消炎丸可以有效的杀死衣原体等细菌病毒等,同时不会产生毒副作用。