1、抗肿瘤作用
番木瓜碱具有杭淋巴性白血病细胞(L1210)的强烈抗癌活性和抗淋巴性白血病P388和EA肿瘤细胞的适度活性。
2、抗菌和抗寄生虫作用
番木瓜碱在试管内对 结核杆菌(H37RV)稍有抑制作用;叶和根有很微弱的杭菌作用，叶柄无效。也有人证明叶及浆汁无抗菌作用，而种子、果实及根有一定的抗菌作用;抗菌成分的最好溶媒是 丙酮;含量有季节差异。果实之浸膏稍能延长感染病毒之鸡胚生存期。该植物各种浸膏整体试验时均无抗疟作用。番木瓜碱有杀灭阿米巴原虫的作用，临床应用其盐酸盐皮下注射亦有效。浆汁及木瓜蛋白酶用于驱除 绦虫、蛔虫及 鞭虫等有效。后者的杀蛔虫作用已经实验证明。从种子中分离出的异 硫氰酸苄酯有驱蛔作用，而且除局部刺激外无任何毒性。番木瓜甙也曾用作驱虫剂。
3、蛋白酶的作用
木瓜蛋白酶，能帮助蛋白消化，可用于慢性消化不良及胃炎等。亦可用于腹腔注射防治粘连，动物试验证明其防治粘连再发的效果比胰蛋白酶好。未成熟果实的浆汁在炭疽病灶中能消化损坏的组织，而健康的组织不受影响;成熟的果实效果较差。木瓜蛋白酶水溶液可溶解小血块，如加入微量谷胱甘肽则溶解更快。也能溶解粘稠的脓;土霉素、金霉素、氯露累、链霉素可延缓这一作用，青霉素、磺胺及 Gastrisin对之则无影响。因此木瓜蛋白酶可用于有坏死组织的创伤、慢性中耳炎，用作溶解白喉伪膜以及烧伤时的酶性清创。木瓜蛋白酶是有效的抗原，无论吸入、内服、注射及局部应用均能发生过敏。它可释放 组织胺，静脉注射毒性很大。
4、抗凝作用
静脉注射木瓜蛋白酶可引起组织胺释放，延长血凝时间，防止发生休克。从浆计中获得 的蛋白性物质无论试管试验或整体试验均有显著的抗凝作用，在抗凝剂量时(狗，2毫克/千克)，对心血管及呼吸系统无明显作用，大剂量对心脏有直接抑制作用。由于过敏及引起回肠痉挛，其治疗应用仍受限制。
5、降压作用
番木瓜碱可引起家兔血压下降，对离体蛙心、兔心引起扩张期停止，使蛙后肢血管收缩，兔耳壳、肾脏、小肠及冠状血管舒张。
6、抑制平滑肌作用
番木瓜碱抑制肠管(猫、兔及鼠)及气管( 豚鼠)平滑肌，对妊娠子宫(兔及豚鼠) 及正常子宫(豚鼠)，少量使之兴奋，大量使之麻痹，对骨胳肌则使之麻痹。种子含番木瓜甙及 芥子酶(Myrosin)，前者和芥干甙类似，水解后产生刺激性挥发物。
