与其他肿瘤一样，病因不详，可能与饮食因素、环境因素、遗传因素以及幽门螺杆菌感染有关。另外存在诸如慢性萎缩性胃炎、胃溃疡、胃息肉、胃黏膜上皮细胞化生及胃黏膜上皮异型增生等癌前变化。目前，对贲门癌的发病原因了解还很少，加之在一些亚洲、北美及欧洲国家贲门癌的发病率呈逐年上升趋势，因此需要对贲门癌进行多学科的综合研究，提高其早期诊断与治疗水平以及病人的术后5年生存率。
贲门癌的病因复杂。一般认为生活环境与饮食是人类上消化道各种癌肿的两种主要致癌因素，也与胃食管反流及食管裂孔疝可能有一定关系。胃癌的组织发生学中，胃溃疡、胃息肉(腺瘤)及慢性萎缩性胃炎过去皆被认为是胃癌的癌前期病变。近年的研究发现上述几种情况发生癌变的机会很小，贲门癌作为胃癌的特殊类型，上述病变与贲门癌的组织发生关系不大。目前比较多认为贲门癌是起源于有多方向分化潜能的贲门腺的颈部干细胞，干细胞可以形成具有贲门或腺上皮特点的腺癌。光镜、电镜和组化研究发现贲门癌是混合型，有力支持该观点。不典型增生是贲门癌的癌前病变，它也是在上述与贲门癌发病有关的溃疡、息肉、萎缩性胃炎共有的关键病理过程。当他们发生不典型增生的改变时才可能癌变，其中结肠型发生多数具有不典型增生的性质。
