症状类似慢性扁桃体炎。若结石周围有化脓感染，可有咽痛不适与反射性耳痛;重者感吞咽困难，言语含糊不清，口涎增多，张口受限等。
有感染时，常自觉口臭。有时结石可自扁桃体上陷窝或舌腭弓处破出。
扁桃体结石通常体积较小，多嵌在扁桃体上隐窝内，会使患者感到不适或疼痛。
结石的成分中含有大量的磺胺类物质同时携带大量细菌，当结石破碎时会散发出类似臭鸡蛋气味的硫化物气体，与结石带来的不适相比，这种气味造成的问题显得更为严重，因为他会使患者产生令人尴尬的慢性口臭。
因为结石多陷入扁桃腺隐窝处，扁桃体结石患者常常感到咽喉部有异物感。
有的患者会试图借助棉签或手指将结石掏出，但这种行为可能会损伤软组织扁桃腺，并使结石破裂，发出臭味。
口腔科疾病专家指出：得了扁桃体结石之后，最明显的特征就是患者容易形成口臭，病情严重的话，患者的进食、说话等都会带来一定的影响。所以，如果不幸被扁桃体结石这种疾病纠缠的话，还是需要积极进行治疗的，以免病情恶化越来越严重，给后期诊治带来更大的阻碍。
