本病的潜伏期是2～3周，接触传染性软疣的患者，经过一定的潜伏期后即可发病。以性传播者发病初起多局限于会阴、小腹、肛门、腹股沟、乳房等处，然后全身播散。损害数目多少不等，散在不融合处。 软疣的数目少则3～5个，多则数十个，散在分布而不融合、微痒，通过搔抓可自身播种，即沿着搔抓处及周围产生更多新的软疣。在免疫功能低下，或使用了免疫抑制剂以及皮质激素时，皮疹可泛发。
皮损为米粒至豌豆大小的半球形丘疹，中心微凹，表面有蜡样光泽，呈淡红、灰白、珍珠色或正常皮色。
在软疣顶端中央挑破后可挤出白色乳酪样物质，此称为“软疣小体”，这是本病的特征性损害。
少数患者其损害偶尔可角化，而像小的皮角，此称为“角化性传染性软疣”。损害有时可长大到10～15mm，此种巨大的损害多为单发，常常继发细菌感染发生炎症反应。
一般经过6～9个月即可消退，但也可持续3～4年，甚至个别皮损可持续5年以上。病程与数目无关，愈后不留疤痕。
有的病人在发病几个月以后，在某些皮损四周出现斑片状湿疹样损害。若眼睑或其附近有皮损时，可引起慢性结膜炎，软疣消退后，此种湿疹或结膜炎可自然消退。 自觉轻度瘙痒，可由于搔抓等原因引起继发感染，出现脓疱疮样损害，甚至引起更严重的疾病如肾炎等。
