局部治疗：
(1)在无菌条件下，挑破传染性软疣的顶端，可见到乳酪样的软疣小体，然后用镊子轻轻挤出。或直接用小镊子夹住疣体将其拔出，而后涂2%-2.5%碘酊，压迫止血即可。数目多者，皮损消毒后，将软疣刺破，涂以5%-10%碘酊，每日1次，可在7天内干涸脱落。
(2)酞丁安霜具有抗病毒的作用，以之涂于疣体表面，每日2～3次，连用3周。如疗程结束后软疣仍不能消除，要刮除或拔出。
(3)1%的5-氟尿嘧啶溶液外用，每日2～3次，连用2周。用时以棉签蘸药液少许，直接点于疣体的顶端。
(4)0.1%的维生素A酸溶液外用，每日2次，连用2周。要注意保护周围皮肤。
(5)70%苯酚酒精局部外用，用吸有药液的小针管，对准皮损逐个点药，点于疣体中央。一般一个疣体点2次即可，10天后皮损可自行脱落。
(6)液氮冷冻，用冷冻器将液氮喷于疣体表面，解熔3次即可。一般1周后疣体脱落。
(7)灭菌竹签蘸少许浓来苏水直接点涂软疣表面。较大皮疹，夹出软疣小体再行治疗。10天后复点一次。
(8)99%冰乙酸15ml加入20g食用面粉中，拌匀成糊状，外涂于疣体。
(9)电灼法。
一般不需全身用药。数目多的宜分批治疗或加用抗病毒的口服或注射剂，外搽阿昔洛韦膏、干扰素、疣必治等也有一定疗效。若皮疹过多可采用以下办法：
1、抗病毒：①病毒唑0.2，日2次肌注;②聚肌胞2mg，隔日1次肌注;③病毒灵0.2，甲氰咪胍0.2，口服每日3次。
2、促进免疫：左旋咪唑50mg，1日3次口服，连用3天，间歇11天。
最近，英国杂志上介绍用10%的氢氧化钾溶液搽软疣，32例儿童患者在搽药30天后软疣消退，认为这是一种安全、有效、价廉及非侵入性的替代疗法。如果病人的免疫力低下或皮疹泛发，还需使用促使免疫功能增强的药物。
