病因继发性萎缩性鼻炎是由于慢性鼻-鼻窦炎，鼻腔特异性感染，如鼻结核、鼻麻风等和职业长期有害刺激气体接触，黏膜破坏较重，逐步萎缩所致，也可见于鼻腔多次手术或手术不当鼻腔组织切除过多的患者。
大多数原发性萎缩性鼻炎原因不明，有下列数种学说：
1.维生素缺乏学说
维生素A、B、B2治疗本病，可收到良好效果，故有此说。近年来人民生活改善，国内萎缩性鼻炎发病率大为降低，仅在某些地区有较多本病患者。
因为本病常发生于女性青春期，并在月经期症状加重，可能与性激素分泌紊乱有关。
3.细菌感染学说
本病患者鼻分泌物中可培养出类白喉杆菌、臭鼻杆菌、变形杆菌等，故有此学说。但多数学者发现用这些细菌接种试验并不引起本病。
4.遗传学说
有时发现一家人同患本病，可能与相同的生活条件和环境有关，是否纯属遗传性疾病，尚缺乏证据。
5.免疫学说
近年来研究发现本病患者大多有免疫功能紊乱，故提出本病可能是一种自身免疫病。
