手术治疗是肝癌首选的治疗方法，通过完整的清除肿瘤组织，达到治愈的目的。现代肝脏外科手术技术日益进步，肿瘤大小并不是制约手术的关键因素。能否切除和切除的疗效除了与肿瘤大小和数目有关，还与肝脏功能、肝硬化程度、肿瘤部位、肿瘤界限、有无完整包膜及静脉癌栓等有非常密切的关系。行手术切除的患者一般要求其一般情况良好，即没有心脏、肺脏、肾脏等重要脏器的器质性病变，肝功能正常或接近正常，具体需要客观的肝功能储备评估指标，如黄疸水平、白蛋白水平、吲哚氰绿滞留率等指标，同时没有肝外肿瘤转移灶，肿瘤部位局限，而不是多发或弥漫性分布。早期肝癌手术切除后一年生存率达80%以上，五年生存率达50%以上。如在术后辅以综合性治疗，可以获得更好的效果。
外科治疗手段除了肝切除还可以选择肝移植手术，尤其对于那些合并肝硬化，肝功能失代偿的小肝癌患者，肝移植手术是最佳的选择。目前，我国每年大约开展4000例肝移植手术，其中肝癌患者比例高达40%。关于肝癌肝移植的适应证有很多标准，主要关注肿瘤的大小、数目和有无血管侵润及淋巴结转移。综合来说，这些标准对于无大血管侵犯、淋巴结转移及肝外转移的要求比较一致，但对肿瘤的大小和数目的要求不尽相同。我国标准与国际的肝癌肝移植标准相比扩大了肝癌肝移植的适应证范围，超出标准的肝癌患者在接受肝移植治疗后虽然最终可能会发生复发和转移，但是其生活质量和生存时间要明显优于其他治疗方式，所以应根据供受体的需求比例做出综合判断来选择适应证。
