结石引起尿流梗阻已影响肾功能、或经非手术疗法无效，无体外冲击波碎石条件者，应考虑手术治疗。原则上对双侧肾结石先取手术简便安全的一侧;一侧肾结石，另一侧输尿管结石，先取输尿管结石;双侧输尿管结石先取肾积水严重的一侧。对有严重梗阻、全身虚弱不宜行较复杂的取石手术者，可先行肾造瘘。
术前准备
术前必须了解双侧肾功能情况，有感染者先用抗菌素控制感染。输尿管结石患者在进手术室前或在手术台上术前摄尿路平片作结石的最后定位。
手术方式
根据结石大小、形状和部位不同，常用的有以下几种手术方式：
1.肾盂或肾窦切开取石术：切开肾盂、取出结石，鹿角状结石或肾盏结石，有时须作肾窦内肾盂肾盏切开取石。
2.肾实质切开取石术：肾结石较大，不能经肾窦切开取石者，需切开肾实质取石。
3.肾部分切除术：适用于肾一极多发性结石(多在肾下极)，或位于扩张而引流不畅的肾盏内，可将肾一极或肾盏连同结石一并切除。
4.肾切除术：一侧肾结石并有严重肾积水或肾积脓，已使肾功能严重受损或丧失功能，而对侧肾功能良好者，可行切除患肾。
5.输尿管切开取石术：输尿管结石直径大于1厘米或结石嵌顿引起尿流梗阻或感染，经非手术疗法无效者可行输尿管切开取石术。
6.套石术：输尿管中下段结石直径小于0.6厘米，可试行经膀胱镜用特制的套篮或导管套取
