婴儿型应与下列疾病鉴别：
先天性重症肌无力。生后即为肌无力，其母有重症肌无力。一般于生后逐渐好转，且应用胆碱醮酶抑制剂有效。
先天性肌张力不全(Oppenheimt病)。主要为肌张力低下，肌肉无萎缩，肌电图及肌肉活检无异常所见。
糖原累积病Ⅱ型(Pompe病)。有血清麦芽糖酶缺乏，心脏明显扩大.肌活检肌纤维中有大量糖原代替原来的肌纤维。
进行性肌营养不良。出生一般情况好，一般发病在3岁以后，开始学走路时。多有肌肉假肥大，肌电图为肌源性改变，血清酶均明显增高。
少年型需与进行性肌营养不良鉴别。本型一般虽有血清肌酶潜的增高，但肌电图为神经源性改变，肌肉活检亦为神经源性损害的特征。以上特点均可与进行性肌营养不良区分。
成年型由于为慢性进行性近端上下胜无力和萎缩.因而需和进行性肌营养不良肢带型鉴别。在成年型脊肌菱缩症中多有明显的肌肉束颤，肌电图为广泛的神经源性损害，肌肉活检为神经源性及肌酶谱的正常，可助鉴别。与颈椎病(脊髓型)可根据胸锁乳突肌肌电图及上肚皮节体感诱发电位，及无感觉障碍，无锥体束及括约肌障碍进行鉴别。与根型颈椎病的鉴别可参照肌萎缩侧索硬化症中所述。
少见的单肢型需与多灶性脱鞘性神经病相区别。后者虽可限于一侧上肢起病，多在远端，但电生理和病理显示为一组多灶性脱鞘的表现，即电生理有运动神经传导速度的减慢，远段潜伏期的延长，F波的潜伏期延长，出现率减低。更重要的是有神经传导阻滞，而与脊髓性肌萎缩的肌电图所示为明显的神经元损害，但运动神经传导速度正常回然不同。
原发性侧索硬化
本病运动神经元变性位限于上运动神经元，而下运动神经元不受累。为少见类型.散发，国内尚未见有家族的报道。起病可在青年期逐渐进展.多从下肢起病。病人常诉肌肉僵硬，运动笨拙。检查时双下肢肌张力增高，反射亢进，双下肢出现巴宾斯基征及查多克征。此型进展缓慢.最后可延至上肢。但多不如下肢严重。无肌肉萎缩及无力，脑神经亦不受累，无括约肌障碍，无感觉障碍。如皮质延髓束受累时可出现呛咳、吞咽障碍及强哭强笑。颈段及胸段脊髓影像学无异常，脑脊液正常。EMG或神经传导速度无异常。磁刺激运动诱发电位可有中枢传导时间延长。本病病因不明，作者于中国西北地区、甘肃省部分地区观察到有地医分布的搓似率型的病人。发病可从儿童至成年，家庭多个成员发病。
起病从下肢开始，表现锥体束征，部分可累及上腔，无其他神经受损征。经调查该地区性的分布与当地以山黧豆为主食，且食物加工过程中问题有关。经改基山黧豆制作过程或不食用后，发病连渐消失。固而推测与山黧豆毒素(BOAA)有关，已证实此种丙氨酸的衍生物是兴奋性氨基酸受体激动剂。本病有时需与多发性硬化进行鉴别。但根据发病缓慢，进行性的锥体束受累，无括约肌障碍等可资鉴别。无特效治疗。Baclfon等药可暂时缓解肌张力及肢体僵硬。
