霉菌菌体均由分枝或不分枝的菌丝构成，许多菌丝交织在一起称为菌丝体。 菌丝平均直径为2～10A,比一般细菌和放线菌的菌丝大几倍到几十倍,与酵母菌相似。(霉菌的营养菌丝图) 霉菌的菌落特征：霉菌的菌落是由分枝状菌丝组成。因菌丝较粗而长，形成的菌落较疏松，呈绒毛状、棉絮状或蜘蛛网状，一般比细菌菌落大几倍到几十倍。菌落最初往往是浅色或白色，当菌落上长出各种颜色的孢子后，由于孢子有不同形状、构造和色素，菌落表面常出现肉眼可见的不同的结构和色泽，如黄、绿、青、黑、橙、蓝等各色。 有的霉菌由于产生的色素能扩散到培养基内，使培养基正面和反面显示出不同颜色，故菌落特征也是鉴定霉菌的主要依据之一。
霉菌的繁殖方式多样，主要靠形成无性和有性孢子来繁殖。一般霉菌菌丝生长到一定阶段，先进行无性繁殖，到后期，在同一菌丝体上产生有性繁殖结构，形成有性孢子。与人类生活和食品生产关系密切的霉菌有藻状菌纲的根霉、毛霉、犁霉;子囊菌纲的红曲霉;半知菌纲的曲霉和青霉等。 毛霉在食品工业中应用较多，如高大毛霉能产生了一羟基丁酮、脂肪酶。鲁氏毛霉不仅用于酿造工业，还可用于做豆腐乳，总状毛霉用于制造豆豉。有些毛霉还可以用于甾族化合物的转化，生产草酸、乳酸、琥珀酸以及甘油。 根霉经常出现在淀粉质食品上，引起食品霉烂变质。它能把淀粉转化为糖，因而是我国、朝鲜、东南亚一带所应用的酒曲子或曲药的主要糖化菌。我国各省的小药曲、民间用的甜酒曲中主要菌种就是根霉 。
曲霉菌是发酵工业、医药工业、食品工业的重要菌种。我国就利用曲霉菌制酱，是民间用以酿酒、制醋曲的主要菌种。现代工业利用曲霉和产各种酶制剂(淀粉酶、蛋白酶、果胶酶等)、有机酸(柠檬酸、葡萄糖酸等)，农业上可用作糖化饲料。也有些曲霉菌能产生对人体有害的物质，如黄曲霉毒素。工业上常用的曲霉有黑曲霉 、米曲霉 和栖土曲霉。 红曲霉菌用于制取红曲，至今仍为优良的天然食品着色剂，如红色豆腐乳就是典型产品。还有一种紫红曲霉 ，能产生α-淀粉酶、麦芽糖酶等，用它水解淀粉，制造葡萄糖。近年来工业上用于生产糖化酶制剂。
