63%的HSV2和37%的HSV1初次感染者不出现生殖器疱疹的临床症状。典型的症状是疼痛、排尿困难、尿道或阴道分泌物增多、腹股沟淋巴结肿大疼痛，而直肠受累可能表现为直肠疼痛、分泌物增多和尿急。
一般来说，生殖器疱疹被分为原发性、复发性、亚临床性、非典型性和无症状性。
1.原发性生殖器疱疹
是第一次感染HSV，出现临床症状和体征。潜伏期为2-14天（平均3-5天）；典型表现为外生殖器部位出现广泛对称分布的多发性红斑、丘疹和水疱，2-4天后破裂形成水泡或溃疡。早期症状可能包括生殖器或肛门部位的瘙痒或烧灼感、头痛、发热和淋巴结肿大，病程大多为2-3周。
2.复发性生殖器疱疹
最常见于生殖器HSV-2感染者；通常第一次复发发生在原发感染后1-4个月。复发的频率平均为每年3-4次。大多数病人在皮疹发生前数小时至5天出现前驱表现，表现为轻度麻木、刺痛、烧灼感、刺痛、隐痛、会阴部痉挛到臀部、大腿和臀部的放射痛。皮损数量少，簇拥着小水疱，很快形成水泡或浅溃疡，不对称分布，局部有轻度疼痛、瘙痒和烧灼感，病程通常为6至10天，皮损多在4至5天内愈合。
3.亚临床感染
是没有临床症状的HSV感染。然而，无症状的排毒存在，并可能具有感染性。
4.非典型或未被识别的生殖器疱疹
非典型病变可能表现为生殖器部位的微小裂口、溃疡和红斑，容易被忽视。
5.特殊类型的生殖器
表现为疱疹性直肠炎、疱疹性宫颈炎、新生儿疱疹播散性HSV感染（表现为疱疹性脑膜炎、肝炎、肺炎和皮肤感染），以及妊娠期生殖器疱疹（可引起宫内发育迟缓、流产、早产，甚至死胎）。
6.艾滋病和HSV感染
可表现为广泛、多发性、慢性持续性溃疡，伴有剧烈疼痛，易患疱疹性脑膜炎和播散性HSV感染。
