阴蒂的大小可能受遗传及内分泌因素的影响，它的外表形象与邻近组织的发育状况相关。虽然阴蒂头的皮肤、包皮及小阴唇可能因频繁的性活动刺激而出现皱褶、增生和慢性充血，但阴蒂海绵体组织不会出现这种反应性增生。有人认为妇女手淫可导致阴蒂肥大。同样,男人顾虑自己手淫导致阴茎萎缩或影响其正常生长均无科学依据。有些年轻女性常常担心自己的外生殖器发育异常，喜欢在洗澡时与同龄人作比较，因此产生严重的心理负担。
女性阴蒂的大小、形态和位置的个体差异很大。少数人因长期服用雌激素或体内雄激素分泌过多而造成异常肥大;个别阴蒂头还分成两半，只是在根部相连。少女的生殖器官异常并不罕见。如果染色体、特别是性染色体内基因的排列上发生异常，则有病态或畸形的出现。此外，在胚胎发育过程中，受到内外环境的干扰影响，如母亲患病，错服药物，X线照射，吸入有毒有害气体或粉尘等，也可引起胚胎发育畸变而出现畸形。当内分泌器官发生异常时，可以出现女性男性化。性腺是决定性别的主要器官，它们分泌的性激素在性别决定上起主要作用。另外，肾上腺皮质的网状带也会产生一些性激素，是与性别相反的性激素。
