阴蒂纤小而娇嫩，平时多有阴蒂包皮遮盖，其附近无润滑液分泌，所以触摸的手法不当造成疼痛并不奇怪;在性高潮之际或之后阴蒂头将像阴茎龟头那样变得过分敏感，再触摸它无疑会引起疼痛，上述两种情况均属于正常的生理现象，并非病理性改变。这里所要讨论的是病理性阴蒂疼痛。
感染引起的阴蒂疼痛最常见，如生殖器疱疹波及阴蒂附近时即可致痛;外阴阴道炎也是常见的导致阴蒂疼痛的病因，如淋菌性阴道炎、霉菌性阴道炎、滴虫性阴道炎等涉及整个外阴时往往造成阴蒂疼痛。其他如前庭大腺脓肿、尖锐湿疣等均可反射性或连带性引起性交时或抚摸时的阴蒂疼痛。
各种局部刺激是造成阴蒂疼痛的另一重要原因，如糖尿病常可引起外阴瘙痒，奇痒难忍，最后常伴有霉菌、滴虫及其他继发感染而使疼痛加重。其他全身性疾病如黄疸、白血病、贫血等也可伴有外阴瘙痒，仔细问诊和检查，不难发现原发疾病。股癣、疥疮、阴虱病、寄生虫卵等也是外阴瘙痒的常见原因。常穿尼龙化纤内裤或牛仔健美裤的女性往往紧裹臀裆，造成透气性极差，并导致外阴的理化因素的过度刺激造成外阴瘙痒。洗涤过度或过量使用香水等化妆品也是不良刺激，均可最终引起阴蒂疼痛。
神经炎有时也可影响到阴蒂，最常见于糖尿病所致的神经炎。使用小剂量酚噻嗪可能使症状得到一定程度的缓解。
如果女性不习惯于清洗外阴，特别是不清洗阴蒂及其包皮的话，包皮内可积有阴蒂垢或小结石，就像砂子迷眼一样造成性交时的异样疼痛感，伴发阴蒂垢、阴蒂炎时，阴蒂充血水肿并突起，直接影响性生活的进行，这时病人应保持外阴的经常清洁，防止积垢的形成。如果因感染而形成阴蒂包皮的粘连时，将会造成长期持续的疼痛。
