手术繁琐，一般要2-4次就诊才能完成。病人要承受的痛苦也较大。价格昂贵，例如在美国一颗牙齿的手术一般需要1，000美元，如加上牙冠则可达2，000美元。可能失败，消毒不彻底导致牙髓腔再次感染，导致需要拔牙。具有4根根管的臼齿，第四根根管容易被错过，导致失败。另外形状异常的根管，消毒充填过程中也可能不彻底。根管治疗手术失败后不一定需要拔牙。
根管治疗迄今仍是牙髓和根尖周病的主要方法。因此人们非常关注根管治疗的疗效，尤其是一些经过高标准治疗仍然失败的原因一直深受医师的关注。究其原因归纳起来有以下几方面：解剖学因素，包括侧支根管、副根管、根尖分歧和根尖分叉等;治疗过程中的医源性因素如根管侧穿未发现，根管超填，冠部封闭状态欠佳和治疗过程中纸尖、棉捻的遗留等;根管内微生物感染未得到控制，近年来根管外的感染尤其受到学者们的关注。
目前对于根管失败的再治疗，首选仍是保守性根管治疗，即通过分析失败原因选择合理的根管治疗手段，如超声、激光、微波等，选择对根管细菌敏感的药物处理根管，采用垂直的热加压充填技术充填侧支根管、副根管等。在保守治疗无效的情况下，可以考虑根尖手术，但要严格地掌握适应征和禁忌症。根管治疗失败的再治疗成功率，采用保守治疗约为66%，失败率为23%，根尖手术成功率为59%，失败率为19%，二者之间无显著性差异。
