肝内胆管结石是指结石分布在肝内胆管的某一分支内，也可分布在某一区域肝叶、肝段的胆管内，临床上发现左侧多于右侧。当肝内胆管的结石顺着胆管进入肝外胆管时就成为肝外胆管结石，所以肝内胆管结石常伴发肝外胆管结石。
激素因素：胆结石病人中女性占多数，其原因是由于女性身体中雌激素水平高，会影响肝内葡萄糖醛酸胆红素的形成，使非结合胆红素增高;雌激素又影响胆囊排空，引起胆汁淤滞，这样极易形成结石。绝经后用雌激素者，胆结石发病率增多。
疾病因素：肝硬化病人胆结石的发生率明显高于正常人，这与肝硬化病人身体中对雌激素灭活功能降低，雌激素水平较高，以及又有慢性溶血，胆囊收缩功能低下，胆囊排空不畅、胆道静脉曲张、血中胆红素升高等多种因素有关。蛔虫感染者不注意饮食卫生感染蛔虫病者，蛔虫逆流至胆道产卵或死亡后，就会成为结石核心，生成结石。
肥胖因素：体重超过正常标准15%者，胆结石的发病率比正常人高5倍。肥胖者大多脂肪和胆固醇摄入过多，加之肥胖者大多活动少，易生胆结石。
饮食因素：饮食偏荤喜甜者，其脂肪和胆固醇摄入多，易形成胆固醇结石;甜食过多又促进胰岛素分泌，会加速胆固醇沉积;经常不吃早餐会使胆酸含量减少，胆汁浓缩，利于结石形成。
遗传因素：此外，遗传因素影响胆结石的发生。故家里的直系亲属如父母、兄弟姐妹或子女患有胆结石者，也是高危发生者。
肝外胆管结石：分为继发性和原发性结石。继发性结石主要是胆渡结石排进胆管并停留在胆管内，故多为胆固醇结石或黑色胆色素结石。原发性结石多为棕色胆色素结石或混合性结石，形成的诱因右胆道感染及胆道梗阻(包括胆道异物如蛔虫残体、虫卵、缝线线结等)。
肝内胆管结石：又称肝胆管结石，是我国常见而难治的胆道疾病。肝内胆管结石病因复杂，主要与胆道感染、胆道寄生虫、胆汁停滞、胆管解剖变异、营养不良等有关。结石绝大多数为含有细菌的棕色胆色素结石，常呈肝段、肝叶分布、但也有多肝段、肝叶结石。肝内胆管结石易进入胆总管并发肝外胆管结石。
水土地域因素：胆管结石在西北地区的发病率较南方明显高，这与西北地区的水质、因素习惯不能说是没有关系的，但是，这并不是哪个人能够预防或者改变的。
