遗传因素
在过去接受过临床治疗的患者中，只有少数患者可以追溯到家族性因素，这种多基因疾病的复发风险相对较低。
如果父母正常，第一个孩子有唇腭裂，第二个孩子有唇腭裂的概率为5%。如果父母一方有唇腭裂，生出一个唇腭裂孩子的概率是5%。如果父母双方都有唇腭裂，生第一个孩子的概率是25%。
环境因素
特别是在城市，水和空气污染对怀孕的妇女非常危险，还有病毒感染（如流感）、X射线、汽车尾气、微波等，这些都会引起基因的突变等。
药物因素
慢性疾病，如贫血、支气管疾病、严重的营养障碍或某些药物，如母亲怀孕期间的镇静剂、抗癫痫药和荷尔蒙药物。
烟酒因素
数据显示，孕早期大量吸烟（包括被动吸烟）和酗酒与儿童唇腭裂的发生率有关，高于没有烟酒嗜好的孕妇，当然，二手烟也同样有害。
情绪因素
俗话说，病从口入，母亲在怀孕期间要保持平和的心态，这对于预防唇腭裂和其他疾病都有或多或少的帮助。
