关于多囊卵巢的发病原因，目前在医学界还没有什么权威的定论，不过仍几种说法的认可度比较高：
1.遗传因素
部分专家认为，多囊卵巢的一部分患者可能是以伴性显性遗传的方式延续这种疾病的。女性的第46号性染色体是XX，多囊患者的其中一个X可能有部分确实或者结构数目异常等情况的存在。
2.激素分泌原因
内环境激素水平的紊乱是造成多囊卵巢的主要原因之一，胰岛素偏高、雄激素偏高、泌乳素偏高、瘦素偏高等都有可能引起代谢异常，导致发生多囊卵巢的症状，比较复杂。
3.器官功能障碍
内环境是由内分泌工作线上的所有器官合作来维持的，任何一个环节出了点差子，都会使得整个机体的激素水平出现紊乱，所以说器官功能的障碍比单纯的激素分泌不正常更加糟糕。比如说下丘脑和垂体、肾上腺皮质等等，病变不是一朝一夕能治理好的。
4.卵巢局部分泌调控机制异常
有的学者认为，多囊患者的卵巢能可能存在某些物质，可能会降低卵巢细胞对卵泡刺激素的吸收，从而抑制卵泡的发育。优势的卵泡无法被顺利地筛选出来，卵巢内多的是处于发育阶段的不成熟卵泡。
5.肥胖
体脂主要影响的是瘦素的分泌，体脂比例越高，瘦素分泌得就越多，内分泌水平紊乱，很有可能发生多囊卵巢的病症。
