肾、输尿管结石治疗目的不仅是解除病痛，保护肾脏功能，而且应尽可能找到并解除病因,防止结石复发。根据每个患者的全身状况、结石大小、结石成分、有无梗阻、感染、积水、肾实质损害程度以及结石复发趋势等，制订防治方案。
1.保守疗法
(1)大量饮水 增加饮水量可以降低尿内结石形成成分的浓度，减少沉淀成石的机会，促使小结石的排出，也有利于感染的引流。所以结石患者应养成多饮水习惯，保持每日尿量在2000～3000ml以上。
(2)控制泌尿系感染 结石、梗阻和感染在体内常形成恶性循环，故结石合并感染时，应在控制感染的条件下进行结石的检查和治疗。在感染尿内形成的常是磷酸镁铵结石。
(3)调节饮食 根据结石的成分决定防石饮食。尿酸结石应采用低嘌呤饮食，胱氨酸结石应采用低蛋氨酸饮食。水果蔬菜能使尿转为碱性，对防止尿酸和胱氨酸结石较好。肉类食物使尿呈酸性，对防止感染石较好。对磷酸盐结石可采用低钙，低磷饮食,同时服用氢氧化铝凝胶。含钙肾结石避免高钙、高盐、高草酸、高动物蛋白、高动物脂肪及高糖，而采用高纤维饮食。
(4)在肾绞痛发作时应首先解除痛苦 对剧烈的肾绞痛、腹胀、恶心及呕吐等的急症处理上,多数在输液，局部热敷，注射阿托品、吗啡或哌替啶后可以缓解。针灸及耳针均有止痛作用。注射消炎痛等对止痛效果较佳。
(5)排石治疗 对任何成分大多数直径小于0.4cm的结石常能自行排出，直径0.4～0.6cm或个别达1.0cm的结石，表面光滑，无明显梗阻及感染症状者，经采用中西医结合疗法，有可能排出。
(6)溶石疗法①纯尿酸结石 用口服药物溶解效果较好。如有肾造口可用碱性药物溶解尿酸石，效果亦较佳。大量饮水保持每日尿量在3000ml以上，调节尿pH值至6.5～7.0，限制高嘌呤饮食，并服别嘌醇，可能将结石溶解。注意在使用别嘌醇时，应警惕其肾毒性，特别是对于肾功能不良者，应根据肌酐清除率来调整其剂量。②胱氨酸结石 用口服药物溶解结石及经肾造口，用药物溶解胱氨酸结石效果均较好。除日、夜定时多饮水，每日达3000～4000ml,低蛋氨酸饮食，碱化尿至pH值7.0～7.5外，还可采用D-青霉氨或Thiola。
2.手术治疗
手术治疗的目的是取净结石，孤立结石疗效显著，较多发及复发肾结石疗效为好。
(1)手术治疗 指征是相对的，一般认为直径大于1.0cm的结石自排的机会较小，特别是常见的草酸结石，因表面不光滑，难以排出。结石引起的梗阻而影响肾功能，或经非手术治疗无效者，均应考虑手术治疗。近年来由于体外震波碎石及腔内泌尿外科的发展，手术指征发生了一定的变化。
(2)手术治疗的原则①对于双侧肾结石 一般情况下应先取手术简单安全的一侧。原则上如总肾功能尚好时，应先行梗阻严重的一侧;若总肾功能不良，宜先选择肾功能较好的一侧。如结石难以除去，患者病情严重，可经膀胱镜行输尿管插管，进入肾盂作引流或先行肾造口术。必要时手术前可配合人工肾或腹膜透析治疗。②一侧肾结石对侧输尿管结石 应先行梗阻严重的输尿管取石术。③双侧输尿管结石 应先取梗阻严重的一侧。对有原发尿路梗阻的肾结石，例如合并肾盂输尿管连接处狭窄的，在取石的同时需做肾盂成形术以矫正梗阻。对有原发性甲状腺功能亢进的肾结石患者应先做甲状旁腺手术，术后有的肾结石可自行溶解。对于因结石引起的急性梗阻性无尿症，手术取石解除梗阻后，应注意多尿期的水电解质及酸碱代谢紊乱的防治。
(3)手术方式①肾盂或肾窦切开取石 优点是出血少，并发症少，对单个肾结石疗效最好。有多数小结石在肾盂内时可采用凝块法肾盂切开取石术。近年来，利用此技术结合术中弹通碎石术，可取出较复杂的肾铸形结石。此手术应注意勿损伤肾盂输尿管连接部，以免术后狭窄。②肾实质切开取石 方法是在肾脏外后侧血管较少的“Brodel”线或在肾背侧做放射形切口，甚或只在扩张的小盏上做小切口，以取出肾盂及小盏内的肾结石。③肾部分切除多发结石 集中于肾一极难以取净时，可采用肾一极的部分切除术。④肾切除术 肾破坏严重的鹿角状或大量结石合并严重肾积水或肾积脓，而对侧肾正常时，才考虑行患肾切除。近年来因肾结石而行肾切除术的逐渐减少。⑤输尿管切开取石术 临手术前应在照泌尿系X线平片以肯定结石的部位无变动。输尿管上中段结石比下段结石的手术操作更简易，并发症少。输尿管的取石切口争取在结石上方正常的输尿管部位，将结石推上取出以免术后狭窄。取石后还应用导管探查远端有无梗阻。孤立结石的预后较多发结石好。
3.体外冲击波碎石(ESWL)与腔内泌尿外科技术取石
自从20世纪80年代以来，尿石症的治疗取得了长足的进展，开始采用ESWL、经皮肾镜取石术(PCNL)及经输尿管镜取石术。它的适应证是相对的，应根据各医疗单位的技术、设备等具体情况掌握。
