首要我们要知道，肾囊肿的病因是肾脏内出现大小不等的、与外界不相通的囊性肿块总称。目前而言，肾囊肿的病因还尚不清晰，可能为肾本质缺血所造成的。关于肾囊肿病的因迩来有专业人士认为是由已存在的肾小管憩室转变而来。囊肿可为单个或多个，常累及单侧肾脏，偶可伴对侧肾病变。囊内液体在化学成分上与血浆超滤液类似，外观似尿液，偶为血性。
典型的囊壁很薄，呈通明状，在屡次感染后也可增厚，纤维化甚至钙化。光镜下，肾囊肿的病因囊壁内单层扁平上皮细胞所掩盖，可呈非连续性摆放。在电镜下，上皮细胞的形状和超微结构似近端或远端肾小管上皮细胞，取决于其来源部位。
另外，伴随着囊肿的增大，其肾囊肿的病因压榨可损坏肾实质，但还不至于使肾功能受损。一个孤立囊肿发作的部位可正巧压榨到输尿管，然后导致进行性肾积水，这种景象呈现后接着可并发感染。肾囊肿病因属中医症瘕领域。肾囊肿的病因多认为由多由先天遗传或后天失养，肾气受损，络脉不好致肾囊血水内聚的囊性疾病。
