巧克力囊肿除了让女性在每个经期痛苦万分之外，引起的最大麻烦就是不孕。因为它会伤害到体内的组织，如果在肠胃附近，就会造成腹泻肠胃疼痛。如果是在卵巢，就会影响到卵巢、输卵管功能，造成不孕。严重的巧克力囊肿甚至从根本上颠覆女性做母亲的天职。卵巢巧克力囊肿是最难治疗的良性肿瘤，它到处粘连，四处流窜，每来一次月经，病情会加重一次，治疗之后又很容易复发，缠绵难愈。
卵巢巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。当囊腔内积血过多、压力过高时，可撑破囊壁薄弱部分，发生囊肿自发性破裂，囊内流出部分积血，压力降低后，囊壁破口常可自行愈合。经过若干时间后，囊内积血再次增多、压力再次增大时，又可发生自发性破裂。囊肿破裂后流至盆腔内的积血，刺激腹膜，引起剧烈腹痛，并可造成盆腔器官的粘连。卵巢巧克力囊肿可以在没有诱因情况下自发破裂，粗暴或剧烈的性生活，尤其是经前期性生活，常是常见 的导致囊肿破裂的重要诱因。
