1、痛经：痛经是巧克力囊肿症状之一。患有卵巢巧克力囊肿的女性，在月经前甚至周期后半期开始，会发现持续整个月经期至月经后数日消失。当月经到来时，痛经症状明显，疼痛部位多在下腹正中，病变部位直到子宫直肠部分。
2、月经不调：巧克力囊肿容易导致月经紊乱，影响女性正常的月经周期，一般会有月经量多、月经持续时间长甚至可能还会出现月经出血的情况。
3、周期性膀胱刺激症状：会出现经期尿急、尿频等症状。若病变发展到膀胱粘膜则会出现周期性血尿和疼痛。
4、性生活疼痛：巧克力囊肿作用在卵巢会导致子宫肌肉收缩，所以患者在同房的时候，肚子会感受到明显的疼痛，特别是子宫部位。因此患有巧克力囊肿容易影响性生活。
5、不孕：巧克力囊肿症状还包括不孕。如果女性患有巧克力囊肿，会对卵巢的正常发育带来阻碍作用，这就会导致卵巢发生排卵障碍，最后引发女性不孕。
6、引发流产、难产：巧克力囊肿在早孕时可能会引起流产，可能还会出现针对于中期妊娠时发生囊肿蒂扭转，即供应卵巢囊肿的血管发生了扭曲，使卵巢囊肿缺血，甚至坏死破裂的症状。如果巧克力囊肿症状严重，还可能会引起剧烈腹痛，对于一些存在着的晚期妊娠时囊肿较大者可导致胎位异常，在分娩时可能阻塞产道引起难产。
