1、传染给孕妇可致流产、死产以及新生儿的死亡孕妇患生殖器疱疹还影响优生优育，可能会引起子宫内感染和新生儿疱疹感染，导致流产、死产、新生儿死亡或发生严重后遗症。约半数以上的新生儿疱疹患者会死亡或遗留中枢神经系统的后遗症。
2、反复发作可给患者带来很大的痛苦。在发病人中约10%有咽炎，10%男性与26%女性的原发性生殖器疱疹病人同时伴有生殖器以外的病损。此外生殖器疱疹病毒与生殖器恶性肿瘤关系密切。
3、增加艾滋病的危险性。在艾滋病流行地区，生殖器疱疹还为艾滋病病毒进入人体提供通道和便利条件，从而增加了患艾滋病的危险性。
4、心力负累——担心致癌从心理上来说，生殖器疱疹的发生和复发会造成病人思想负担过重，而出现心理障碍害怕致癌、害怕传染给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性生活往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生抑郁症。
