中医认为生殖器疱疹的治疗法则宜清热除湿，方药常以龙胆泻肝汤加减：龙胆草10g、山栀10g、黄芩10g、柴胡10g、车前子(包)10g、生地10g、当归10g、木通10g 、生甘草10g。
方中龙胆草清泻肝经湿热;山栀、黄芩、柴胡配合龙胆草清肝利胆;车前子、木通清热利湿;生地、当归凉血活血;生甘草调和诸药。水疱大、糜烂渗液者，加生苡仁30g，茵陈10g;大便秘结者，加生大黄6g(后下)。现有中成药龙胆泻肝丸,每次6～8克,每日3次,温开水送服。
西医表示，对于初发感染的生殖器疱疹可采用抗病毒 药物治疗。一般选用阿昔洛韦200mg，5次/d，连服7~10d;或阿昔洛韦400mg，3次/d，连服7~10d;或伐昔洛韦300mg，2次/d，连服7~10d，或泛昔洛韦250mg，3次/d，连服7~10d。
另外，民间还盛传以下偏方，可以有效治疗：1.金樱子嫩叶 1 把，捣烂，用米泔水浸 1 夜，外搽患处。2.韭菜连根 1 把，洗净后煎汤，外搽患处。
生殖器疱疹对患者以及患者的家人都有影响，具有很大的传染性，患病后会通过很多途径将病毒传染给家人，所以及时有效的治疗是很关键的，感染后不及时治疗往往会害人害己。
其危害还有影响优生优育，男性患生殖器疱疹，将生殖器疱疹病毒传染给老婆，老婆怀孕患生殖器疱疹还影响优生优育，可能会引起子宫内感染和新生儿疱疹感染，导致流产、死产、新生儿死亡或发生严重后遗症。
