本病以外用治疗为主。皮疹多者可选用抗病毒药。
1.外用治疗主要去除软疣小体，可在无菌下用睫毛镊子将软疣小体挤出，用3%～5%碘酊滴入，或外用0.5%酞丁安搽剂。数目多者可分次分批剔除。
2.将损害中的软疣小体用小镊子夹住，将之挤出或挑除，然后点入浓苯酚或33%三氯醋酸液，并压迫止血。如果疣体较小，且泛发者，可外涂10%碘酊或聚维酮碘，每天2～3次。
3.有报告对于免疫力正常的个体，传染性软疣是一种自FE性疾病，典型的单个损害多在2个月内消退，如果不治疗整个病程通常可持续6—9个月，也有持续数年者。治疗传染性软疣既方便又有效的方法主要是外科治疗或外用药物疗法。
(1) 钳除法：这是一种古老的而且至今仍最常使用的疗法。方法是用小血管钳夹住疣体后拔除，然后涂2%碘酊或碳酸或三氯醋酸并压迫止血。
(2) 冷冻或激光疗法：用冷冻疗法或激光疗法去除疣体。
(3) 化学药物疗法：①10%氢氧化钾水溶液涂于皮损上，每日2次，至出现炎症征象或浅表溃疡时停用;②苯酚，任万明用80%苯酚液治疗200例传染性软疣患者，方法是先取80g结晶苯酚放人干净的三角瓶内，加入lOOml蒸馏水，然后加热使其充分溶解后即可分装使用，治疗是采用棉签蘸上药液后对准皮损逐个点药，注意不要将药液点涂到正常皮肤上以免损伤皮肤，约半分钟后皮损上便出现一层白色薄膜、周围略红肿。停药1-2天后，皮损处呈现黑褐色坏死结痂，10天左右脱痂愈合。
如仍有个别损害未愈或新出皮损，可重复点药，直到完全治愈为止。若皮损广泛数目太多时，应分次治疗，以免药物吸收引起不良反应。结果200例患者全部治愈，其中1次治愈者124例，占62%，2次治愈者49例，占24.5%，3次以上治愈者27例，占13.5%。除21例在涂药后自觉有轻度烧灼样痛外，无1例发生其他不良反应。此外，可口服抗病毒药物或肌内注射干扰素或聚肌胞注射液等。治疗过程中要注意患者衣物等用品隔离消毒直到感染消除。
