大部分患者在感染的急性期无明显症状，伴有高水平的病毒血症和ALT升高。HCV急性感染后HCV RNA早于抗-HCV出现于血液中。HCV RNA最早可于暴露后2周检出，HCV 核心抗原可在HCV RNA出现后1～2d检出，而抗-HCV直到8～12周才能检出，也就是说，在HCV感染发生后，有约8-12周的时间，仅能检出HCV RNA，而抗-HCV为阴性，即抗-HCV检测的“窗口期”，“窗口期”的长短与检测试剂有关(见表1)。抗-HCV不是保护性抗体，是HCV感染的标志。
15%～40%的HCV急性感染者可在6个月内清除感染，在感染清除的过程中，有可能HCV RNA水平很低不能检出，仅抗-HCV阳性;而65%～80%的患者病毒持续6个月仍未被清除，称为慢性HCV感染。一旦慢性丙型肝炎发生，HCV RNA滴度开始稳定，自发痊愈的病例很少见。除非进行有效的抗病毒治疗，否则HCVRNA很少发生自发清除。在临床上，慢性丙型肝炎的患者抗-HCV多为阳性(免疫抑制的患者，如HIV感染者、实体器官移植受者、低丙种球蛋白血症或者血液透析患者可出现抗-HCV阴性)，HCV RNA可为阳性也可为阴性(经抗病毒治疗，HCV RNA水平低)。
