汗斑的病原菌为糠秕马拉色菌(Malassezia furfur)，又称汗斑菌。汗斑菌为人体皮肤的正常菌群。有报道曾从92%正常人的头皮上分离出。其他带菌部位有背、躯干、四肢、面部等。儿童带菌率与年龄有关。年龄越大，带菌率越高。汗斑菌平时腐生于角质层的表层，为孢子形态。在某些条件下，会从孢子相转变为菌丝相，具有感染力，侵犯周围组织产生损害。诱发因素包括全身或局部使用皮质激素，皮肤使用油脂类制剂、慢性感染、营养不良、细胞外糖原沉着、家族遗传等。但临床上最常见的因素是高温和多汗。
汗斑全球分布。在温带地区常见于夏秋季。在热带和亚热带地区则十分流行，可能与人群中的皮肤表皮更换率减缓有关。墨西哥、印度、古巴等很多国家居民发病率高达50%。我国发病率南方高于北方。患者多为成人，男性多于女性。由直接或间接接触传染。不感染动物。
汗斑菌具嗜脂性，所以皮损多分布于皮脂腺丰富的部位。汗斑菌能产生对黑素细胞有抑制作用和细胞毒作用的二羟酸，从而使汗斑损害呈现色素减退。亦有人认为是因为汗斑菌及其代谢产物能阻止阳光透入局部皮肤而干扰了局部皮肤黑素形成所致。
从人体皮肤中能分离出两种形态的汗斑菌，称正圆形糠秕孢子菌(Pityrosporum orbiculae)和卵圆形糠秕孢子菌(Pityrosporum ovale)。现一般认为它们是同种异名。
