内源性抑郁没有神经系统疾病病史，不难鉴别。另外，抑郁症可以表现为慢性疲劳状态或其他内科疾病的假象，这些情况称为隐匿性抑郁或抑郁等位症。同时由于神经系统疾病患者的痴呆、失语等原因，无法准确描述自己的各种情绪改变，以致临床医生不能获得完整准确的信息而做出正确判断，所以诊断较困难，存在较高的漏诊率和误诊率。
1.血管疾病伴发精神障碍 临床上许多脑血管的病人常出现抑郁症状及神经衰弱症状。据报道，额叶和皮质下血管病有50%抑郁症状发生，多为老年首次发病，但病人常有高血压，脑动脉硬化病史中有多次“脑卒中”病史，抑郁症状随血管病波动而波动，神经系统可发现阳性体征，CT或MRI可发现病灶。脑卒中发作的老年患者20%～25%有抑郁症，其中高达50%是在卒中后的第一个月出现。脑血管疾病可以诱发老年期抑郁综合征，并使有些老年期抑郁综合征表现更加明显或使其顽固化。基底核、左半球损害，尤其是额极损害容易出现应激后抑郁症。皮质和腔隙性脑梗死伴发最多的是抑郁症。
2.药物源性抑郁 有些药物可引起抑郁情绪，如利血平、普萘洛尔、类固醇等，如有用药史，在病情允许情况下停药观察，抑郁好转，即可鉴别。
3.阿尔茨海默病 早期可能表现为抑郁，反过来讲，隐匿性抑郁常引起思维和记忆困难，称为假性痴呆，注意要与阿尔茨海默病等以痴呆为主要表现的疾病鉴别。但这类病人常在抑郁症状出现之前已有记忆障碍、人格障碍，或有定向力障碍，且病情为进行性发展为痴呆。大约50%的痴呆患者有不同程度的抑郁症状，阿尔茨海默病患者15%～20%有重症抑郁表现。
4.帕金森病 帕金森病估计有40%伴发抑郁症：心境和运动的关系很复杂。帕金森病可能被诊断为原发性抑郁症，帕金森病有神经系统症状和体征，伴发的抑郁症状应用抗抑郁药物无效。
5.其他 许多抑郁综合征的症状和体征可重叠于内科与神经科疾病的表现上。例如，失眠、疲乏、激越和精神活力的阻滞都可以由内科疾病与痴呆引起。情感淡漠可以是额叶综合征的一种表现，也可以被错认为是抑郁症的阻滞特征。情感淡漠还可以存在于各种不同的内科疾病和精神障碍，包括帕金森病、谵妄、痴呆和精神分裂症、淡漠型甲状腺功能亢进。情感淡漠有时很难与精神分裂症的阴性症状(情感平淡、思维贫乏、孤僻、退缩)区别。
